臭氧滅菌機的殺菌屬于生化氧化反應，臭氧氧化分解細菌中葡萄糖氧化需要的酶。還能直接與細菌、病毒發生作用，破壞其細胞壁和核糖核酸，分解DNA、RNA、蛋白質、脂類、多糖等大分子聚合物，破壞細菌的代謝生長和繁殖過程。還可穿透細胞膜組織，侵入外膜脂蛋白中的作用和細胞膜中的脂多糖，引起細胞通透性畸變，使細胞溶解死亡，并使死亡細菌中的遺傳基因、寄生菌株、寄生病毒顆粒、噬菌體、支原體和熱原溶解變性。從微生物作用，的無菌技術原理來看，可分為三種：抑菌、殺菌和溶菌。臭氧滅菌機作為滅菌劑的應用屬于溶菌作用。
　　還有對臭氧滅菌機殺菌原理的介紹“科學研究表明，臭氧在常溫常壓下具有很強的殺菌作用，臭氧的分子結構不穩定，很快分解成氧氣(O2)和單個氧原子(O)。后者對細菌有很強的活性和很強的氧化作用。臭氧氧化并分解細菌中的酶，這些酶將葡萄糖氧化成需要，從而破壞細胞膜并殺死它。
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